Футбол проник на территорию Таджикистана в начале XX века. Тогда были созданы футбольные команды в Душанбе и Худжанде, между которыми начали проводиться междугородние матчи. Чемпионат Таджикской ССР начал разыгрываться с 1937 года, а розыгрыш Кубка Таджикской ССР стал проводиться чуть позднее.

Вплоть до середины 1991 года Таджикистан входил в состав СССР и имел свою сборную как и остальные союзные республики, которые в основном проводили матчи внутри команд и сборных СССР, в частности в футбольных турнирах Летней Спартакиады народов СССР. Сборная Таджикской ССР была создана в 1930 году и участвовала во всех розыгрышах футбольного турнира Летней Спартакиады народов СССР. Футбольные клубы Таджикистана в те времена также участвовали на Чемпионате СССР по футболу.

После распада СССР и обретения независимости Таджикистаном, была организована сборная Таджикистана нового созыва. Свои первые матчи сборная провела в 1992 году. Первым официальным международным матчем сборной Таджикистана стал матч против сборной Узбекистана (2:2) в рамках Кубка Центральной Азии 1992, инициированный ФИФА. Эти матчи официально зарегистрированы ФИФА на основе того, что сборной Таджикистана и остальным четырём центральноазиатским сборным (сборным Узбекистана, Казахстана, Кыргызстана и Туркменистана) было разрешено с 1992 года участвовать в турнирах и матчах, проводимых под эгидой ФИФА. В розыгрыше Кубка Центральной Азии в формате лиги, сборная Таджикистана после второго тура отказалась от участия в турнире по причине финансовых затруднений. В 1993 году сборная Таджикистана, как и сборная Узбекистана, не провела ни одного матча из-за разгара в Таджикистане гражданской войны и финансовых затруднений. В 1994 году Таджикистан был официально принят в АФК и ФИФА, стал полноправным членом этих международных футбольных организаций. В том году сборная сыграла четыре матча против сборных Казахстана, Кыргызстана, Узбекистана и Туркменистана. В 1995 году, по причине гражданской войны и исчерпания бюджета, сборная этой страны также не смогла провести ни одного матча. В течение 1990-х годов сборная выступала не регулярно из-за гражданской войны и нехватки финансов.

В 1996 году сборная сыграла лишь два матча в рамках квалификации к Кубку Азии 1996 против сборной Узбекистана. Первый матч проходивший в Душанбе закончился с разгромным счётом 4:0 в пользу сборной Таджикистана, а во втором матче в Ташкенте сборная Узбекистана также разгромила Таджикистан со счётом 5:0 и таким образом сборная Таджикистана не смогла получить путёвку на Кубок Азии 1996, который проходил в ОАЭ. В 1997—1999 годах сборная сыграла 15 матчей, из которых победу одержала в 7 матчах.

В период с 1992 года по 1999 год, сборная Таджикистана всего сыграла 23 матча, 9 матчей из которых закончились победой сборной Таджикистана, 5 матчей завершились в ничью, и в 9 матчах сборная Таджикистана проигрывала. Забитые мячи — 41, пропущенные мячи — 38.